Оперативно одељење чине Одсек за контролу лета и Оперативни одсек у Београду, као и мрежа од 13 Радарских центара са којих се перманентно прати облачност током целе године, а одбрана од града се спроводи од 15. априла до 15. октобра.

У овом Одељењу се врши анализа, контрола и архивирање свих података прикупљених у систему одбране од града, састављање и достава извештаја корисницима о спроведеним дејствима на градоопасне облаке, као и даљи развој методологије вештачког утицаја на време заснован на светским научним сазнањима из те области.