У оквиру Сектора за контролу животне средине врше се систематска испитивања и анализe квалитета површинских и подземних вода, као и квалитета ваздуха, падавина и таложних материја; врше се лабораторијске анализе на узорцима површинских вода, подземних вода и муља, као и анализе садржаја загађујућих материја у ваздуху; припремају се и достављају информације, прогнозе и упозорења у случајевима хаваријских загађења вода и ваздуха; прате се хаваријска загађења; развијају се и примењују модели за контролу квалитета вода и расподела загађујућих материја у ваздуху; израђују се периодични и годишњи извештаји о квалитету вода и ваздуха.